در سال ۱۳۳۲ هجري شمسي برابر با ۱۹۵۳ ميلادي در جلسه اي كه با حضور جمعي از ايرانيان مقيم هامبورگ ئر هتل آتلانتيك اين شهر برگزار گرديد گفتگويي پيرامون لزوم تشكيل مركزي اسلامي و بناي مسجدي براي ايرانيان مقيم اين شهر انجام گرفت. اين پيشنهاد با استقبال حاضران روبرو شد و قرار شد دايرهء فعاليت اين مركز و مسجد تنها به ايرانيان محدود نگردد و مركزي براي همهء مسلمانان شهر هامبورگ تأسيس شود.
در سال ۱۳۳۲ ه. ش. ۱۹۵۳ م. نامه اي از جانب اين جمع به مرجع تقليد وقت آيت الله بروجردي ارسال شد و در آن پيشنهاد تأسيس مسجدي جهت انجام عبادات و برگزاري جلسات ديني براي مسلمانان با ايشان مطرح گرديد. مرحوم آيت الله بروجردي طي نامه اي موافقتشان با اين پيشنهاد را اعلام نمودند و مبلغ ۱۰ هزار تومان ننيز بعنوان نخستين رقم مالي براي انجام اين كار حواله كردند. در دوم تير ماه ۱۳۳۲ ه. ش. ۲۳ ژوئن ۱۹۵۳ م. از تعدادي از علاقمندان دعوت بعمل آمد و طي جلسه اي نامهء مرحوم آيت الله بروجردي قرائت گرديد. در اين جلسه هيئت مديرهء ۹ نفره اي بعنوان هيئت ساختماني مسجد انتخاب شد كه عبارت بودند از آقايان: ۱ حاج علي نقي كاشاني ۲ حسين ولادي ۳ علي محمد باقر زاده ۴ محمدتقي تبرك ۵ محمد خسرو شاهي ۶ حميد شجاعي ۷ عبدالعلي فيض ۸ محمدحسين دهدشتي ۹ ميرحسين غفاري بعلاوه از ميان افراد فوق هيئت رئيسه چهار نفره اي نيز انتخاب گرديد و حسابي بنام «جمعيت ايرانيان» افتتاح شد. همزمان با اين اقدام هيئتي از بازرگانان در تهران نيز به پيشنهاد مرحوم آيت الله بروجردي مسئوليت جمع آوري كمكهاي مالي براي احداث مسجد هامبورگ را بر عهده گرفت. در سال ۱۳۳۴ ۱۹۵۵ م. مرحوم حجت الاسلام آقاي محمد محققي بعنوان نمايندهء آیت الله بروجردی و امام مسجد آغاز به كار كرد. در نهم مهرماه ۱۳۳۶ اول اكتبر ۱۹۵۷م. زمين كنوني به مساحت ۴، ۳۷۴۴ متر مربع به مبلغ ۲۵۰ هزار مارك براي مسجد خريداري شد ۱ و به ثبت رسيد. اين مبلغ توسط يكي از تجار خير ايراني بنام مرحوم حاج قاسم همدانيان از طريق مرحوم آيت الله بروجردي اهدا گرديد. در دوازدهم آذر ماه ۱۳۳۶ سوم دسامبر ۱۹۵۷ م. از جانب هيئت ساختماني مركز ترتيب مسابقه اي داده شد كه در آن سه شركت پيشنهادات خود براي مسجد را ارائه نمودند. اين طرحهاي پيشنهادي جهت انتخاب نهايي براي آيت اله بروجردي به قم ارسال شد و ايشان اينكار را به آقاي لر زاده، معمار معروف ايراني، ارجاع دادند. آقاي لر زاده از ميان نقشه هاي طراحي شده، نقشهء شركت شرام و الينگيوسschram. Elingius را برگزيد و نواقص آنرا طي نامهء جداگانه اي يادآور شد. اين نقشه با همكاري يك مهندس ايراني بنام آقاي پرويز زرگر پور تهيه شده بود. در يازدهم مارس ۱۹۶۰ قراردادي با شركت مذكور تنظيم گرديد و مقدمات كار زير بناي مسجد به مساحت ۴۲، ۸۳۲ متر مربع آغاز شد. نخستين كلنگ ساختمان مسجد در نيمهء شعبان ۱۳۷۰ ه. ق. برابر با ۲۴ بهمن ۱۳۳۶ ه. ش. و ۱۳ فوريه ۱۹۶۰ م. مصادف با سالروز ميلاد حضرت مهدي عج با حضور جمعي از مسلمانان و نمايندگان شهر هامبورگ توسط حجت الاسلام آقاي محققي زده شد و پس از مدت كوتاهي كارهاي ساختماني شروع گرديد. از بهمن ماه ۱۳۳۶ فوريه ۱۹۶۰ كه نخستين كلنگ ساختمان مسجد زده شد تا اواخر ۱۳۴۱ ۱۹۶۳ با وقفه هايي كه در كار بنا پيش آمد تقريباً اسكلت ساختمان مسجد به پايان رسيد. با فوت مرحوم آيت الله بروجردي و بازگشت آقاي محققي به ايران در اواخر سال ۱۹۶۳ وقفه مجددي در كار ساختماني مسجد روي داد و هيئت ساختماني نيز بدليل نبودن بودجه كافي بناچار به بانكهاي آلماني بدهكار شد. ناتمام ماندن ساختمان مسجد علاوه بر آنكه مشكلات متعددي را براي دست اندركاران آن فراهم آورد موجب گلايهء شهرداري هامبورگ هم گرديد. بهمين سبب مقاله اي در هامبورگر آبندبلات Hamburger Abendblatt پيرامون وضعيت ساختمان نيمه تمام مسلمانان در كنار درياچهء آلستر و خيابان شونه آوس زيشت Schone Aussicht منظرهء زيبا تحت عنوان «مسجد متروك» منتشر شد. در اواسط سال ۱۳۴۲ ۱۹۶۴م. با همراهي اتاق بازرگاني تهران در ايران مبلغي به حساب مسجد هامبورگ واريز شدو بدين ترتيب تقريباً بدهكاري مسجد به بانك و شركتهاي مربوطه تسويه گرديد. در سال ۱۳۴۳ ۱۹۶۵م. آيت الله دكتر بهشتي با تأييد مراجع وقت بعنوان امام مسجد برگزيده شد. از جملهء نخستين اقدامات ايشان تشكيل هيئت ساختماني جديدي با اعضاي بيشتر بود. بعلاوه هيئت امناي هفت نفره اي مركب از اعضاي زير انتخاب گرديد: ۱- آيت الله دكتر بهشتي ۲- دكتر مهندس ايرج مشيري ۳- دكتر علي عماري ۴- منوچهر اقبال ۵- كريم نعمت زاده ۶- محمد خسرو شاهي ۷- حسن ولادي هيئت جديد پس از ارزيابي وضعيت و گفتگوهاي طولاني بدين نتيجه رسيد كه اتمام يكبارهء مسجد عملي نيست و براي خارج شدن مسجد از حالت متروك بودن مي بايست اين اقدام طي برنامهء پنج مرحلهء زير انجام بگيرد: ۱- تكميل وضوخانه، دفاتر اداري و كتابخانه ۲- تكميل نماي خارجي مسجد ۳- تكميل محوطه سازي بيرون مسجد ۴- تكميل ما بقي ساختمان مسجد از جمله گنبد آن ۵- ايجاد ساختمان مسكوني براي سرايدار مسجد طي سالهاي ۱۹۶۶ و ۱۹۶۷ بخش اداري داخل مسجد و قسمتي از كاشيكاري ديوارهاي خارجي مسجد از ناحيه كمكهاي مردمي و تبرعات مسلمانان علاقمند در هامبورگ و تهران به اتمام رسيد. با وجود اين، مسجد به بانك ملي ايران بدهكار بود. از زمان زدن نخستين كلنگ مسجد تا اين تاريخ مدت ۷ سال گذشته بود. ابتکار مهم دیگر آیت الله بهشتی این بود که در کنار مسجد، موسسه اسلامی – فرهنگی دیگری با هدف تحت پوشش قرار دادن همه مسلمانان از ملیت ها و مذاهب مختلف را بنیان گذارد و به این سان در ۱۹ بهمن ماه ۱۳۴۴ ۸ فوريهء ۱۹۶۶ مركز اسلامي هامبورگ به ابتکار آیت الله بهشتی به ثبت رسيد و فعاليت فرهنگي خود را در سطح آلمان و سایر کشورهای اروپا ئی آغاز نمود. در سال ۱۹۶۸ حجت الاسلام آقاي محمد شبستري به دعوت آيت الله بهشتي جهت همكاري رهسپار هامبورگ شد و در سال ۱۹۷
۰ با بازگشت آيت الله بهشتي به ايران مسؤليت امامت مسجد و مديريت مركز اسلامي هامبورگ را عهده دار گرديد. از این پس تا زمان شهادت آیت الله بهشتی ۱۳۶۰ ش مدیریت مرکز اسلامی هامبورگ تحت نظارت آن مرحوم قرار داشت و امامان و مدیران بعدی با نظر ایشان منصوب می گردیدند. در فاصلهء سالهاي ۱۹۶۹ تا ۱۹۷۹ كار ساختماني مربوط سالن سخنراني، رو كار مسجد و بخشي از زير زمين آن به اتمام رسيد. در دورهء مسئوليت حجت الاسلام آقاي محمد خاتمي ۱۳۵۷ تا ۱۳۵۹ ه. ش. ۱۹۷۸ تا ۱۹۸۰ بعنوان امام مسجد و مدير مركز اسلامي كه مقارن با اوج مبارزات مردم مسلمان ايران براي بثمر رساندن انقلاب اسلامي بود علي رغم حجم گستردهء فعاليتهاي مسجد و مركز بلحاظ ساختماني تلاش عمده اي مقدور نگرديد. با بازگشت آقاي خاتمي به ايران و عهده دار شدن اين مسئوليت از جانب حجت الاسلام آقاي محمد مقدم در سالهای ۱۳۵۸ تا ۱۳۷۰ ه. ش. ۱۹۸۰ تا ۱۹۹۲ گذشته از ترميم و بازسازي مسجد و مركز، بناي زيرزمين مسجد شامل آشپزخانه و سرويسهاي بهداشتي تكميل گرديد و بخشي از كاشيكاريهاي داخل گنبد نيز در سال ۱۹۸۹ به اتمام رسيد و تجهيزات سيستم ترجمه همزمان نیز در سالن سخنراني مسجد نصب گرديد. علاوه بر اين در زمان مدیریت حجت الاسلام مقدم، طرحهايي براي احداث واحد تكميلي مركز در پشت مسجد تهيه و جهت پيگيري مراحل اداري ساختمان جديد كه جنب بناي قبلي مسجد و مركز اسلامي قرار دارد اقدامات اولیه صورت گرفت و در زمان مدیریت حجت الاسلام انصاری اجراء و در سال ۱۳۷۸ ۲۰۰۰ ميلادي به پايان رسيد و در بدو ورود حجت الاسلام حسيني نسب در طي مراسمي افتتاح گرديد.